"chmod -R dir 600" , двете грешки забелязахте ли ги ?
ps aux|grep root , значи rootkita с пид номер 4 (след като кернела е предал щафетата на пид №1 или така наречения инит систъм) е намерил пътека през root акаунта с който е била пусната дадена програма. Уеб сървър и тем подобни с root акаунт или акаунт с административни привилегий никога не се пускат. Сериала е хубав ама с командите нещо са скарани, както и с Tor.